Appendix

広告

Entries

タンパク質構造コンテスト謎の歴史的1位、DeepMindのAlphaFoldだった


2019/01/15:
●タンパク質構造予測は難しいが重要…25年もコンテストを開催しているほど
●タンパク質構造コンテスト謎の歴史的1位、DeepMindのAlphaFoldだった
●それでもDeepMindのAlphaFoldには弱点がある?


●タンパク質構造予測は難しいが重要…25年もコンテストを開催しているほど

2019/01/15:タンパク質の機能を研究したり、それをターゲットとする薬剤を開発したいというとき、タンパク質の構造はとても重要な要素の一つ。にも関わらず、3次元構造を予測することは、極めて難しいようです。「研究したいタンパク質があるのだが、その構造と機能がわからない」というのは、分子細胞生物学の研究者が日々直面する最大の難題の一つだといいます。(※1より)

 なぜ新しい薬の開発に役立つのか?と言うと、アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチントン病、嚢胞性線維症といった病気の原因はタンパク質の間違った折りたたみが原因であると考えられているため。

 他にも、タンパク質の構造を理解する利点はいろいろあります。タンパク質の折りたたみを理解することで生分解性酵素の分野での進歩があれば、プラスチックや油といった廃棄物の分解がより環境に配慮された形で行われるようになる可能性もあるともされていました。(※2より)

 そうした重要性のためか、2年に一度開催される国際タンパク質構造予測コンテスト(CASP)というものもあるとのこと。組織委員会によって選ばれたタンパク質の構造の定量的予測を競うんだそうな。初開催から25年ということで、かなり長く開催されているようです。毎回世界中から数百ものスポンサーを集めるともされていました。(※1より)


●タンパク質構造コンテスト謎の歴史的1位、DeepMindのAlphaFoldだった

 その2018年の国際タンパク質構造予測コンテスト(CASP)で、大会組織委員会は以下のような異例の予告をしました。今回の特殊性から、大会では学会への追加参加登録の枠を設け、その白熱を見届けたいというメディアに向けて追加でチケットを購入できるように措置をするほどだったといいます。何もかも特別です。

「今回の大会では今までにないレベルの進歩があった。その原因はよくわかっていないが、週末の学会の際に詳しく発表し、議論ができればと思っている」

 圧倒的なトップは、A7Dという謎のチーム。今大会のぶっちぎりトップだったというだけでなく、A7Dと今回の2位のチームの点数の差は、なんとCASPが始まって以来約20年分相当の進歩分よりも高いというレベルだったといいます。一気に20年分以上進歩したって感じなんでしょうね。

 うちのタイトルで皆さん既におわかりでしょうが、このチームはあのAlphaGoを開発したグーグル系企業のDeepMindの開発したAIでした。AlphaFoldという名前をつけているそうです。(※1より)


●それでもDeepMindのAlphaFoldには弱点がある?

 このAlphaFoldのしくみの説明ですけど、私にはちんぷんかんぷんでした。とりあえず、過去に解決されたタンパク質折りたたみ問題は使用せず、新たな方法を取ったとのこと。そして、その方法とは、「アミノ酸のペアの距離」と「それらを結ぶ化学結合の間の角度」というタンパク質構造が持つ2つの物質的特性の予測から、3次元構造を予測した、とされていました。(※2より)

 一気に20年分も進歩したっぽいので、どう考えても画期的と考えられますけど、課題はあるともされています。全チーム平均に満たない予測成績であったタンパク質もあったと指摘されていました。苦手な構造があるのかもしれません。

 ただ、逆に言うと、平均以下の成績のタンパク質があったのにも関わらず、歴史的な成績での首位だったということは、得意なタンパク質での差がものすごく大きいからという可能性もあるでしょう。DeepMindチームは対象となった43個のタンパク質のうち25個で成績トップとなっていますし、得意不得意で差があるならむしろ利点になりそうな気がしました。

※1 AlphaGoの衝撃再び — タンパク質構造予測でAlphaFoldが今までのモデルに圧勝|Zhubo.JP|note 2019/01/11 00:20(文/袁博 校閲/范静萱、张涵雄、常亮 日本語訳 / 王青波)
※2 人工知能企業のDeepMindがタンパク質の立体構造を予測する「AlphaFold」を開発 - GIGAZINE 2018年12月04日 12時04分


【関連投稿】
  ■AIで仕事がなくなる…は誤解だった 人間の作業を代替するだけで職業そのものを代替するわけではない
  ■AIと黒魔術 デマだった独自言語で会話を始めたAI実験中止のニュース
  ■日本は最もロボット・AIに仕事を奪われる国?労働生産性低いためか
  ■囲碁AIがさらに進化 世界に置いてかれる日本AIは中国にも完敗
  ■タッチパネル・セルフオーダーで人件費削減 アルバイトを1人減らせる
  ■ビジネス・仕事・就活・経済についての投稿まとめ

Appendix

広告

ブログ内 ウェブ全体
【過去の人気投稿】厳選300投稿からランダム表示









Appendix

最新投稿

広告

定番記事

宝くじ高額当選者3000人のその後……10年後の彼らの生活は?
歴代首相の身長ランキング 背の高い、低い意外な総理大臣 野田佳彦・麻生太郎・鳩山由紀夫・小泉純一郎・安倍晋三など
日本で馴染みのある韓国系企業一覧
国別ノーベル賞受賞者数ランキング 日本は8位、上位はどこの国?
橋下徹大阪市長の出自 同和地区(被差別部落)と父・叔父と暴力団
意外に有名企業があるファブレス企業・メーカー 任天堂・ダイドードリンコ・やおきんなど
飛び降り自殺は意識を失うから痛みはない…は嘘 失敗した人の話
白元・鎌田真の経歴と派手な交友関係 神田うの,松本志のぶ,妻も美魔女など
楽天Edyはコンビニの公共料金の支払い(収納代行)に使える?
楽天Edyの使えるコンビニ・使えないコンビニ
主な緑黄色野菜一覧 と 実は緑黄色野菜じゃない淡色野菜の種類
のれん代とのれん代の償却のわかりやすい説明
消滅可能性都市ランキングと一覧 1800市区町村中896自治体が危機
カルシウムの多い食材ランキングベスト20 牛乳以外に取れる食品
堀越二郎の妻は死んでないし菜穂子でもない モデルは堀辰雄の婚約者矢野綾子
創価学会、会長候補の正木正明氏左遷で谷川佳樹氏重用の理由は?
インチキで効果なし、活性水素水詐欺 誇大広告であるとして排除命令が出た商品も
高カロリー食品ランキングベスト20(100グラムあたり)
EPA、DHA(オメガ3脂肪酸)の魚油サプリ 効果なしどころか危険という説
リチウムイオン電池の寿命を長持ちさせるのは、使い切って満充電?継ぎ足し充電?

ランダムリンク
厳選200記事からランダムで









アーカイブ

説明

書いた人:千柿キロ(管理人)
サイト説明
ハンドルネームの由来

FC2カウンター

2010年3月から
それ以前が不明の理由